ต่อมาปีการศึกษา 2521 มีการเปลี่ยนแปลงนโยบายโดยคณะปฏิวัติให้แยกโรงเรียนประถมศึกษาและโรงเรียนมัธยมศึกษาออกจากกันโดยเด็ดขาด กระทรวงศึกษาธิการจึงมีประกาศยกเลิกโรงเรียนมัธยมศึกษาที่ตั้งขึ้นจากการแปรสภาพของโรงเรียนประถมศึกษาบางโรงเรียนเพื่อสงวนไว้เป็นโรงเรียนต้นแบบ (ตามหนังสือกรมสามัญศึกษาที่ ศธ.0806/2107 ลงวันที่ 22 มิถุนายน 2521  ในระหว่างที่โรงเรียนยังไม่ทราบหนังสือและประกาศยุบดังกล่าว โรงเรียนได้ดำเนินการจัดชั้นเรียนเป็น 14 ห้องเรียน มีครู 20 คน นักเรียน 581 คน ภารโรง 2 คน 

ต่อมาโรงเรียนได้นำปัญหาและอุปสรรคเข้าหารือผู้อำนวยการกองการมัธยมศึกษาและท่านรองอธิบดี จึงได้มีมติประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง ตั้งโรงเรียนรัฐบาล เมื่อวันที่ 26 เดือนพฤษภาคม พ.ศ.2521 เพิ่มขึ้นอีก 1 โรง โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนวัชรวิทยา” ซึ่งที่มาของชื่อโรงเรียนวัชรวิทยา มาจากโรงเรียนวัชรราษฎร์วิทยาลัย (เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาแห่งแรกของจังหวัดกำแพงเพชรซึ่งเดิมก็เคยตั้งอยู่ในโรงเรียนวัดคูยาง) แปลว่า ความรู้ที่แข็งแกร่ง โดยมีนายสมรวม พูลเขียว อาจารย์ใหญ่โรงเรียนวัดคูยาง มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัชรวิทยา อีกตำแหน่งหนึ่ง โดยได้โอนนักเรียนระดับมัธยมศึกษาเดิมมาเป็นนักเรียนโรงเรียนวัชรวิทยาแห่งใหม่นี้ โดยคณะครูชุดแรกที่มาจากโรงเรียนวัดคูยาง ประกอบด้วย

1. นายสมรวม  พูลเขียว

2. นายเกริ่น  มากะ

3. นายอิสระ  อภัยราช

4. นายสุนทร  อนุเพชร

5. นางสมนึก  อภัยราช

6. นายวิริยะ  พลับผล

7. นายนิรัตน์  พิศอ่อน

8. นายสุมิตร  คำมี

9. นางสุพิส  ไทพาณิชย์

10. นายแสน  ถอสุวรรณ

11. นายเสริมศักดิ์  อยู่สุขเจริญ

12. นางสาวกัญญา  ทัพทวี

13. นายสุรชัย   โกศิยะกุล

ปี พ.ศ.2522 นายสมรวม พูลเขียว ร่วมกับคณะครู ดำเนินการจัดหาที่ดินเพื่อตั้งโรงเรียนวัชรวิทยาขึ้นเป็นเอกเทศถาวร ณ หมู่บ้านวังคาง จำนวน 44 ไร่ 1 งาน 83 ตารางวา โดยมีผู้บริจาคที่ดินจำนวน 20 ไร่ คือ นางชะอุ้ม มาลีน้อย 15 ไร่ นายปิยะ เพชรพรรณ 5 ไร่ และบริจาคทางเข้าโรงเรียนขนาด 8.60 x 69.00 เมตร สมทบกับบริษัทกำแพงเพชรค้าไม้จำกัด ผ่านทางนายสุเทพ จันทราวิโรจน์ เลขานุการบริษัทฯ ให้ความช่วยเหลือเงินเพื่อซื้อที่ดิน จำนวน 250,000 บาท โดยวันที่ 21 มิถุนายน 2522 ทำการยกป้ายโรงเรียนวัชรวิทยาและทำทางเข้าสู่โรงเรียนถมโดยดินลูกรัง นายสมรวมพูลเขียว นายวิสูตร จิตบรรเทา นางวินิจศรี พูลเขียว และนายวิสุทธิ์ เงินทอง เดินทางโดยรถยนต์ส่วนตัวเข้าติดต่อผู้อำนวยการกองการมัธยมศึกษา (นายสุวรรณ  จันทร์สม) รับรองกับกรม ฯ ว่ายินดีจะจัดหาที่ดินในเขตเทศบาลเมืองกำแพงเพชรให้ได้ไม่ต่ำกว่า 35 ไร่ ตามหลักเกณฑ์การจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษา ขอเพียงให้กรมฯสนับสนุนในเรื่องงบประมาณในการก่อสร้างอาคารและสถานที่ประกอบที่เกี่ยวกับการเรียนการสอน กรมฯ ยืนยัน ให้ความอนุเคราะห์ช่วยเหลือ โดยในระยะแรกกรมสามัญศึกษาได้จัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารชั่วคราว แบบ 004 จำนวน 8 ห้องเรียนตามอาคารเรียนแบบชั่วคราวแบบโครงเหล็กถอดได้อีก 18 ห้องเรียน ห้องน้ำห้องส้วม 3 หลัง และบ้านพักครู 1 หลัง และเนื่องจากห้องเรียนไม่พอ โรงเรียนจึงดำเนินการสร้างอาคารอเนกประสงค์ 6 ห้องเรียน และบ่อบาดาลอีก 2 บ่อ

ปี พ.ศ.2523 วันพฤหัสบดี ที่ 21 สิงหาคม 2523 ได้ย้ายสถานที่เรียนจากโรงเรียนวัดคูยาง อำเภอเมืองกำแพงเพชร  จังหวัดกำแพงเพชร มาเรียนในสถานที่ตั้งโรงเรียนวัชรวิทยาแห่งนี้ทั้งหมดในบรรยากาศที่ชุ่มฉ่ำด้วยน้ำฝนซึ่งตกปรอยๆตลอดเวลา ทั้งนี้ได้รับความร่วมมือจากผู้ปกครองนักเรียนและนักธุรกิจช่วยนำรถมาช่วยขนย้ายอุปกรณ์การศึกษาให้จนสำเร็จ

ปี พ.ศ.2524 ปีการศึกษานี้ทางโรงเรียนได้อนุมัติให้เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลายได้ กรมสามัญศึกษาได้จัดสรรเงินงบประมาณหมวดค่าที่ดินและสิ่งก่อสร้างให้ดำเนินการดังนี้

(1) อาคารเรียนแบบ 318 ค จำนวน 1 หลัง

(2) โรงอาหาร – หอประชุม จำนวน 1 หลัง

(3) โรงฝึกงานแบบมาตรฐาน จำนวน 1 หลัง

(4) บ้านพักครูแบบ 202 ก จำนวน 1 หลัง

(5) ติดตั้งไฟฟ้า

และขอใช้เงินเหลือจากการประกวดราคาก่อสร้างอาคารเรียน และอาคารประกอบของโรงเรียนมาดำเนินการได้อีก 3 รายการ คือ

(1) ติดตั้งประปาในโรงเรียน

(2) ทำถนนเข้าโรงเรียน, ปรับปรุงพื้นที่ถนนภายในโรงเรียน

(3) บ้านพักครูแบบ 202 ก จำนวน 1 หลัง